En sus primeros años, Piratas fue local en el Palacio de Los Deportes de la capital colombiana Participó por primera vez en la Liga Sudamericana de Clubes en 1997 obteniendo el cuarto y obtiendo el campeonato nacional, lugar en el torneo.

El equipo dirigido por José Tapias, y que contaba con jugadores destacados como John Giraldo y Álvaro Teherán superó en la final a los Sabios de Manizales,[2]​ lo mismo en 1999 que ganó la liga nacional y junto a ello ganando para su país el primer premio internacional.

[3]​ Tomás Díaz reemplazó a Tapias en 2004 con total éxito, al ganar el hexacampeonato para Piratas luego de superar en la final a los Azucareros del Valle.

Las temporadas siguientes el equipo Piratas había sido protagonista hasta el 2009 siendo la franquicia más ganadora de todo Colombia teniendo 11 campeonatos nacionales y 2 interncionales, pero lamentablemente no pudieron seguir en la Liga por problemas financieros y piratas no volvió a los principios de la décadas de los 2010.

[4]​ El club anunció su reaparición en el torneo nacional a partir de la temporada 2013, con la aparición de la Liga Directv Profesional,[5]​ en 2014 el primer y segundo semestres piratas volvió a hacer campeón después de tanto, siendo el 2015-I su último campeonato, siendo la franquicia más ganadora en Colombia A través de la resolución N.º 001502 del 3 de julio del año 2014 ratificada por Coldeportes se convirtió en el quinto equipo de baloncesto en Colombia con reconocimiento deportivo y así poder ser considerado un equipo profesional comoPiratas Bogotá S.A..[6]​ .