[8]​ La especie P. fuscipenne fue descrita por primera vez por el zoólogo británico Osbert Salvin en 1866 bajo el nombre científico Philydor fuscipennis; su localidad tipo es: «Santiago, Veraguas, Panamá».

[5]​ El nombre genérico neutro «Philydor» deriva del griego «philos»: que ama, y «hudōr»: agua; significando «que ama el agua»;[9]​ y el nombre de la especie «fuscipenne», proviene del latín «fuscus»: oscuro y «pennis»: de alas; significando «de alas oscuras».

[10]​ Esta especie tiene como pariente más próximo a Philydor erythrocercum, y anteriormente fueron tratadas como conespecíficas; un estudio genético reciente encontró que el par formado por ambas es hermano del género Megaxenops.

[11]​ La subespecie erythronotum ha sido tratada como especie separada, pero las diferencias de vocalización con la nominal aparentemente no existen.

[5]​ Según las clasificaciones del Congreso Ornitológico Internacional (IOC)[12]​ y Clements Checklist v.2018,[13]​ se reconocen dos subespecies, con su correspondiente distribución geográfica:[5]​