Para cada familia en Pfam se puede: Nótese que una única proteína puede pertenecer a varias familias Pfam.
Puestos que estas entradas en Pfam-A no cubren todas las proteínas conocidas, se proporciona un suplemento generado automáticamente denominado Pfam-B.
Pfam-B contiene un buen número de familias pequeñas derivadas de la base de datos PRODOM (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última)..
Aunque de menor calidad, las familias Pfam-B pueden resultar útiles cuando no se encuentran familias Pfam-A.
Investiga si diferentes proteínas descritas conjuntamente en la base de datos PDB de estructura de proteínas se encuentran lo suficientemente cercanas para interactuar potencialmente.