Su padre, Michielszoon Bardt, era predicador flamenco que se exilió en Inglaterra por motivos religiosos cuando Petrus tenía tres años de edad.

En 1577 Petrus Bertius regresa a los Países Bajos para estudiar en la Universidad de Leiden.

Cuando fue nombrado subdirector se casó con Maritgen Kuchlinus cuyos hermanos, ambos cartógrafos, influirían en su vida.

[1]​ Amigo de Jacobus Arminius, surgió una controversia con Franciscus Gomarus, contrario al Arminianismo; debido a lo dicho en el funeral del primero y que luego fue publicado bajo el título Lijck-oratie over de doot van den Eerweerdighen ende wytberoemden Heere Jacobus Arminius (Oración por la muerte del honorable y conocido Lord Jacobus Arminius).

La reimpresión de la obra en 1613, esta vez en neerlandés, hizo que perdiera su puesto como profesor y se le prohibiera dar clases privadas.