En el año 1820 la misión de Huenahue fue destruida por las fracciones independentistas y contrarias al legado del imperio español.
Entre los años 1863 y 1864 se levantó el templo San Antonio de Padua por parte del padre capuchino Gaudencio de Nirazca con el apoyo del colono alemán Kilian Meckes.
Juno a ellos se levantó posteriormente la escuela y el vicariato misional formando parte del conjunto.
[3] El asentamiento se comienza a consolidar con la comunidad mapuche-huilliche que allí habitaba y que había formado su Lof, muchos de los cuales se encuentran también enterrados en el cementerio de la misión.
Es una obra arquitectónica de estilo neoclásico común entre los templos levantados por los capuchinos italianos en el período 1849 a 1896.