Su carrera profesional la cumplió en cuatro equipos de la Primera División de Venezuela, llegando a ser campeón nacional en tres ocasiones.
Actualmente es vicepresidente de la Juventus Soccer Schools Venezuela.
Hijo de Roque Fernández, futbolista uruguayo que jugó en su país, en Argentina, Colombia y Venezuela, Pedro Fernández se inició como futbolista profesional en el desaparecido Atlético Zulia en 1997, donde se desempeñó como volante de creación.
Una vez vendidos los derechos del equipo gallo a la ULA Mérida, pasa a formar filas del Nacional Táchira donde se mantiene hasta su retorno a Maracaibo, esta vez con el Unión Atlético Maracaibo, en su primera temporada en la Segunda División en 2001.
En el 2008 fue transferido al recién ascendido Zulia Fútbol Club (equipo rival del Unión Atlético Maracaibo).