[1] Pax-6 se expresa durante el desarrollo temprano en ojo, pituitaria, epitelio olfatorio y sistema nervioso, donde controla una serie de pasos críticos en la formación del ojo, la diferenciación neuronal y la configuración de conexiones sinápticas.A continuación de esta invasión, la vesícula óptica entra en contacto con el ectodermo y comienza la formación del ojo bicameral.Con lo anterior, fue posible inducir la formación de ojos ectópicos en patas, alas, alterios y antenas, siendo estos últimos funcionales.Lo anterior, lleva a sugerir que Pax-6 tiene una función universal como gen regulador de morfogénesis del ojo.Las regiones codificantes para proteína de PAX-6 son bastante conservadas, al igual que algunas secuencias reguladoras en promotores y enhancers.[8][9][10] Pax-6 genuino ha sido aislado de mamíferos, anfibios, peces, anfioxos, erizo, calamar, nematodos, gusanos planos y planarias, Pax-6 aislado de calamr ha sido utilizado para expresar ojos ectópicos en Drosophila, lo cual ha sido exitoso, demostrando nuevamente la universalidad de este gen, así como, la alta correlación entre morfogénesis ocular y morfogénesis óptica, incluyendo ojos en plenaria, que son bastante primitivos.Este gen parálogo de ey se expresa más temprano que el anterior en regiones cerebrales del embrión, mientras que se expresan de igual manera en el disco ocular en desarrollo.
Árbol filogenético de los genes Pax de varios metazoa.