Durante sus años universitarios, Noonan también jugó con los Mid-Michigan Bucks en la USL Premier Development League.

Al graduarse, Noonan fue seleccionado en la primera ronda (novena general) del SuperDraft de la MLS 2003 por el New England Revolution.

Aunque comenzó lentamente, Noonan pronto reanudó sus formas de anotar, terminando su primera temporada con los Revs con diez goles y siete asistencias, y subcampeón detrás de Damani Ralph para el Novato del año.

Una mala racha al final de la temporada vio a Noonan terminar 2005 con ocho goles y siete asistencias.

Comenzó en 2007 lesionado una vez más y luego se convirtió en suplente mientras recuperaba su forma física.

Noonan se convirtió en agente libre después de no ser seleccionado en ambas rondas del draft.

Si bien ha acumulado 15 partidos internacionales, las lesiones y la inconsistencia le impidieron reclamar un papel importante con la selección nacional.

[9]​ En enero de 2018, Noonan fue contratado como entrenador asistente junto a Jim Curtin en el Philadelphia Union.