Más adelante se le añadieron las tres portadas que presenta los pies de la iglesia, una obra creada por Melchor de Aguirre, el cual renovó además la fachada, que volvería a sufrir una nueva intervención durante el siglo XIX al ser instalado el Seminario Menor, en el convento ya desamortizado.
De esta forma se conseguía un respaldo político excepcional dentro del contexto urbano y social granadino, al ser la Chancillería una de las instituciones de mayor rango y prestigio existentes en el marco político español.
Otra fuente se colocó delante de la iglesia y una cruz fue levantada por los vecinos en el año 1640.
Todo ello desemboca en un transepto que se ajusta a los laterales de las naves, cubriéndose el crucero con cúpula sobre pechinas ligeramente apuntada y rematada por una linterna.
Salvo esta cúpula sobre el crucero, el resto de la iglesia se cubre con bóvedas de medio cañón con lunetos, si bien éstos no presentan huecos para iluminación, lo cual oscurece sobremanera el templo; sin embargo, el casco de la cúpula presenta cuatro pequeños óculos ovalados para compensar la excesiva oscuridad interna inusual en el templo barroco.