[3]​ Se extiende desde las cumbres de los cerros Manquilizani (5324 m), Telata (5336 m) e Illampu (5519 m), al oeste, abarcando buena parte de la cuenca hidrográfica del río Huarinilla, hasta, al este, la confluencia del citado río con el río Elena (a unos 1000 m).

[3]​ Aunque la superficie en plano del área protegida está cercana a las 65 000 ha, la extrema rugosidad del territorio podría arrojar una cifra real superior a 85 000 ha, y es que, en poco más de 40 km, el área protegida experimenta un salto topográfico cercano a los 4.500 m s. n. m. Se trata, pues, de un espacio marcado por las fuertes pendientes, con una incisiva red hidrográfica y que alberga una gran variedad de ambientes a los que se adaptan las actividades y usos humanos.

[3]​ El condicionamiento climático altitudinal marca la existencia de diversos pisos ecológicos que van desde los desolados nevados de las altas cumbres andinas hasta el bosque húmedo montano de yungas, pasando por medios periglaciares, pradera altoandina, bofedales, páramo yungueño y otros.

[3]​ El parque nacional cubre aproximadamente el 40 % de la superficie total del espacio protegido.

[4]​ Por el área protegida de Cotapata se encuentran numerosos caminos y senderos precolombinos,[5]​ entre los cuales se destacan: Así mismo, parte del Camino de la Muerte cruza por este parque nacional, siendo concurrido por ciclistas de montaña.