El área que abarca el parque actualmente se encontraba en su mayoría dentro del territorio del antiguo Distrito Naval de Sasebo de la Armada Imperial Japonesa.
Después de la rendición de Japón y la disolución del ejército, el alcalde Nagata vio las posibilidades de impulsar el turismo en la zona y solicitó la creación del parque a la asamblea de Japón.
La campaña fue finalmente exitosa y el Parque Nacional Saikai fue establecido el 16 de marzo de 1955, siendo el decimoctavo parque nacional creado del país.
Hirado conserva algunos sitios históricos de su puerto antiguo usados para el comercio exterior.
Las Islas Goto tienen entradas interesantes y altos acantilados, así como raras formaciones volcánicas.