Sam Neill, William H. Macy, Téa Leoni, Alessandro Nivola, Trevor Morgan y Michael Jeter interpretan los papeles principales.

Después del éxito de Parque Jurásico, Joe Johnston expresó interés en dirigir una secuela y por ello Spielberg confió en él para sacar adelante la tercera entrega.

Mientras tanto, en un bote que ofrece paseos ilegales a la isla se encuentra un niño de 12 años llamado Eric Kirby (Trevor Morgan), junto a Ben Hildebrand (Mark Harelik), quienes habían pagado por un viaje en paracaídas para poder filmar algunas tomas de la isla y sus habitantes prehistóricos.

Dos meses después, el paleontólogo Alan Grant (Sam Neill) se encuentra visitando a su excompañera y ex-prometida la Dra.

Young), el especialista en armas Cooper (John Diehl) y el copiloto Udesky (Michael Jeter) preparan su equipo para salir hacia Isla Sorna después de ser contratados por Paul (William H. Macy) y Amanda Kirby (Téa Leoni), una pareja que dirige una compañía llamada Industrias Kirby.

Luego del aterrizaje forzoso, Nash y Udesky intentan pedir ayuda por radio, pero desgraciadamente se daña producto del impacto, por lo cual Nash recurre a utilizar el teléfono móvil de Paul para pedir ayuda.

Mientras tanto Alan intenta abrir la puerta para poder salir del avión, pero descubren que están enganchados en un árbol a gran altura y sin forma posible de bajar.

Alan inmediatamente golpea a Paul en la cara, el cual termina cayendo en unos matorrales, pero Amanda interviene y le pide al paleontólogo que aguarde un momento.

Además, les confiesan que la pareja en realidad estaba divorciada desde hace un año, también Paul pensó en Alan debido a su experiencia previa en la isla y ayudarlos como su guía, pero el paleontólogo revela que él jamás había visitado la llamada Zona B.

Udesky se las ingenia para encenderla, usando las baterías de su linterna, y descubren que Eric sigue vivo, pero cuando Alan y Billy quieren recuperar el paracaídas para usarlo en algún momento más adelante, repentinamente en frente de Amanda aparece el cadáver de Ben, el cual nunca pudo desengancharse del paracaídas y quedó atrapado en este.

Billy, Amanda y Paul se suben a los árboles, pero en ese mismo instante Udesky es atrapado por los Velociraptores.

Alan, que en ese momento se encontraba observando a los Velociraptores es rápidamente acorralado por estos.

Billy los tomó por impulso y quería venderlos para lograr salvar sus investigaciones por otros diez años más, pero Alan está decepcionado con Billy por no decirle la verdad, y le dice cruelmente que es peor que los construyeron Jurassic Park.

Durante el viaje, observan a un grupo de Brachiosaurus, Ankylosaurus, Stegosaurus y Parasaurolophus, mientras siguen río abajo.

Para cuando Ellie tiene el teléfono la llamada se corta, entonces decide devolver la llamada, Alan y el grupo escuchan el teléfono sonar y solo por unos segundos, Alan logra hablar con Ellie para que pida ayuda, pero se corta la llamada nuevamente, aunque Ellie deduce que está en la Isla Sorna, porque Charlie le hace la expresión de un ataque de dinosaurio.

Al día siguiente el grupo continúa su recorrido hasta que finalmente escuchan la costa, pero son repentinamente detenidos por la manada de Velociraptores, quienes los estaban persiguiendo.

Inicialmente la Velociraptor se acerca a Amanda, pensando que ella los robó (cuando en realidad fue Billy); entonces Alan le entrega a Amanda los huevos robados para devolvérselos, pero entonces también saca la cámara de resonancia que Billy le había diseñado anteriormente en forma de flauta, para comunicarse con los dinosaurios, aunque la manada lo toma como una amenaza e intentan atacarlo, son detenidos por la alfa.

En ese momento se escucha un ruido acercándose al lugar y la alfa le ordena a la manada que se retiraran, mientras que la Velociraptor alfa y su segundo recogen los huevos, para posteriormente retirarse del lugar, perdonándoles la vida al grupo.

A diferencia de los filmes anteriores, se considera al Spinosaurus como el antagonista principal:[6]​ Johnston afirmó que "Muchos dinosaurios tenían una silueta muy similar a la del T-Rex ... y nosotros queríamos que la audiencia lo reconociera al instante como algo distinto.

"Hemos encontrado evidencia de que los Velociraptor tenían plumas, o estructuras similares a plumas, y las hemos incorporado a la nueva apariencia de los raptores", dijo el paleontólogo Jack Horner, el asesor científico del filme.

[9]​ Los efectos especiales usados para las criaturas fueron una mezcla de modelos animatrónicos e imágenes computarizadas.

Spielberg había querido en principio que esta escena se reservara para el tercer filme, pero más tarde decidió añadirla en el segundo tras darse cuenta de que probablemente no dirigiría otra película de la saga.

Se reportó que Michael Crichton iba a colaborar con Spielberg para crear un argumento y escribir el guion.

De acuerdo con Johnston, "Él se habría escabullido allí, tras no habérsele permitido investigar a los dinosaurios, y estuvo viviendo en un árbol como Robinson Crusoe.

[8]​[16]​ Alexander Payne y Jim Taylor comenzaron a reescribir el guion en julio de 2000.

[33]​ Se filmaron escenas en el Center Bay Studios en Los Ángeles al final de octubre.

[34]​ Otras locaciones de filmación usadas en California incluyeron a South Pasadena y una cantera rocosa en Irwindale.

"[16]​ El corte en bruto más largo del filme era de aproximadamente 96 minutos, sin los créditos cinematográficos.

[37]​ Adicionalmente, la canción "Big Hat, No Cattle" de Randy Newman, fue usada en una escena en un restaurante.

[44]​ En 2011, el filme fue lanzado en Blu-ray como parte de la colección Jurassic Park Ultimate Trilogy.