Paphinia rugosa es una especie de orquídea endémica de Colombia.

[1]​ La clasificación de esta especie de orquídea fue publicada por Heinrich Gustav Reichenbach (1824–1889) en Linnaea; Ein Journal für die Botanik in ihrem ganzen Umfange, xli.

110, 1877 - Berlín, Alemania.

Esta especie se encuentra a una altitud de aproximadamente 2400 metros.