Aunque apenas haya documentación sobre sus orígenes y su familia, sí se sabe que fue hijo de un hombre llamado Godio.

[2]​ Desde el siglo XVI se le identifica comúnmente como miembro de la familia Paganelli de Montemagno, perteneciente a la aristocracia pisana, aunque esto no ha sido probado y contradice testimonios anteriores que sugieren que sus orígenes eran humildes.

Al año siguiente regresó a Italia como líder de la comunidad cisterciense en Scandriglia.

No obstante, acuerdo se incumple de inmediato y, en 1146, Eugenio III se ve obligado nuevamente a abandonar Roma y exiliarse en Francia, desde donde organizaría la Segunda Cruzada,[9]​ ordenando su predicación a Bernardo de Claraval, quien logró el apoyo del rey francés Luis VII y del emperador germano Conrado III (que terminaría en fracaso al no culminar con la conquista del Condado de Edesa).

También excomulgó a Arnaldo de Brescia por cismático, pero no logró que el Senado romano lo entregara, por lo que el papa intentó aliarse con el rey Roger II de Sicilia, cuya alianza le permitió retornar temporalmente a Roma en 1149.