La administración hidráulica que ostenta las competencias sobre el mismo es la Confederación Hidrográfica del Ebro (CHE) legalmente calificada como entidad de derecho público con personalidad jurídica propia y distinta de la del Estado, adscrita a efectos administrativos al Ministerio de Obras Públicas y Urbanismo del Gobierno central con independencia funcional.
Mientras tanto, se estaba proyectando el embalse que iba a atravesar dichas zonas justo por su mitad.
Al haberse dictado durante este proceso una nueva Ley Foral (L.F.
Actualmente diversos grupos ecologistas y sociales continúan su oposición al embalse que ya está construido alegando básicamente que, rechazando los informes geológicos oficiales, la ladera puede sufrir un desprendimiento y son perceptibles terremotos periódicos en la zona, basando sus manifestaciones en informes técnicos que contradicen a los anteriores; niegan la necesidad de la obra para Navarra, considerando que, en su caso, existirían otras posibilidades de actuación mucho menos costosas y ecológicas, dado que, por ejemplo, en muchas partes de la zona seca de Navarra se continúa regando «por inundación» y no se utilizan técnicas como el riego «por goteo» o «por aspersión».
Por su parte el presidente de la Confederación Hidrográfica del Ebro manifestó que los estudios sobre sismicidad realizados por el Instituto Geográfico Nacional, el Instituto Geológico y Minero de España y por el profesor Ángel Yagüe, confirman la seguridad del embalse.
[22] (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última)., añade además acusaciones de corrupción política.
[23] (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).
La investigación se inicia ya que, según algunos informes, pese a haber disminuido la obra proyectada en un 35%, en este sector los gastos no solo no disminuyeron proporcionalmente si no que aumentaron oficialmente un 8,75% (4,5 millones de euros) y, según Aralar, en 12 millones de euros.[25].
Aralar denunció también un supuesto "trato de favor" a la empresa adjudicataria pues señala que existían hasta cuatro ofertas que mejoraban en precio y plazo de ejecución la presentada por la empresa finalmente adjudicataria.
Por parte del Gobierno de Navarra se ha defendido en todo momento la gestión realizada.