Con orígenes en el siglo XVII, es un importante monumento en el centro histórico de la ciudad, declarado Patrimonio de la Humanidad por la Unesco.
El conjunto del colegio e iglesia jesuita fue siendo ampliado a lo largo del siglo XVII por la acción de figuras notables, como los padres António Vieira y João Felipe Bettendorf.
Las obras fueron finalizadas en el último cuarto de ese siglo.
La historia de los jesuitas en Maranhão fue interrumpida en 1759, cuando ocurrió la expulsión de los jesuitas del Brasil colonia.
A mediados del siglo XIX el palacio estaba en estado de ruina y pasó por varias reformas, ganando la apariencia neoclásica que posee actualmente.