Padmarajan realizó algunas de las películas que dieron su seña de identidad al cine en Malayalam, incluyendo obras maestras como Oridathoru Phayalvaan (1981), Koodevide (1983), Thinkalaazhcha Nalla Divasam (1986), Arappatta Kettiya Gramathil (1986), Namukku Parkkan Munthiri Thoppukal (1986), Thoovanathumbikal ( 1987), Moonnam Pakkam (1988), y Njan Gandharvan (1991).
Más tarde comenzó a dirigir sus propias películas basadas en sus guiones, comenzando con Peruvazhiyambalam (La calle es un Choultry) (1979), siendo muy populares entre la gente común así como entre los intelectuales y críticos de cine, manteniendo excelencia tanto en la originalidad artística como en el tratamiento de las temáticas.
Los diálogos de los personajes son muy naturales, es el lenguaje del hombre común, y sin embargo tienen una calidad lírica sutil.
Era muy hábil en la detección de talentos, e introdujo muchas caras nuevas que más tarde dejarían su huella en el cine indio, como Ashoka (Peruvazhiyambalam), Rasheed (Oridathoru Phayalvaan), Rahman (Koodevide), Jayaram (Aparan), Ramachandran (Novemberinte Nashtam) o Ajayan (Moonnam Pakkam).
Dirigió y estimuló actuaciones brillantes e inspiradas en muchos actores, como Mammootty, Gopi Bharat, Mohanlal, Karamana Janardanan Nair, Rahman, Sreekumar Jagathy, Suresh Gopi en Innale, Sobhana, Sumalatha, Thilakan y Venu Nedumudi.
Su colaboración con Bharathan como guionista se considera que ha producido obras notables en el cine de Malayalam.