Jugó cuatro temporadas con Fusion, convirtiéndose en un titular regular en su segundo año con el equipo en la defensa central o en el mediocampo defensivo, y fue incluido en el MLS Best XI en 2001.

Cuando Chris Armas se lesionó solo unas semanas antes de la Copa Mundial 2002, Mastroeni se encontró como titular en el partido inaugural cuando los estadounidenses derrotaron a Portugal por 3-2.

Permitiendo la mayor cantidad de goles en la MLS, 62, los Rapids terminaron penúltimos en la Conferencia Oeste con 32 puntos.

Durante la temporada baja antes de la temporada 2016, Mastroeni visitó Londres y pasó varios días viendo entrenar al Arsenal y al Tottenham.

[9]​ Mastroeni terminó segundo en la votación para el premio anual al Entrenador del Año de la MLS.

En la temporada baja, Mastroeni firmó una extensión de contrato por tres años, hasta 2019.

El 15 de agosto, Mastroeni fue despedido como entrenador y fue reemplazado por Steve Cooke.

[10]​ En 2021, Mastroeni fue nombrado entrenador asistente del Real Salt Lake.