Jugó tan solo 2 partidos y al no ser tenido en cuenta pasó a Boca Juniors.

Durante el ciclo de Carlos Bianchi como DT, Ledesma comenzó a sumar minutos y experiencia tanto en primera como en los torneos internacionales, aunque no iba tener tanta continuidad por los jugadores de más experiencia con los que contaba el plantel en ese momento.

Aunque el primer partido no lo jugó, fue titular en el más importante, el definitorio: el cual acabó 2 a 1 a favor de los “Millonarios” (Goles de Luis González, Nasuti para el local, y había empatado Carlos Tévez que luego fue expulsado).

Miguel Ángel Brindisi y posteriormente Jorge José Benítez se harían cargo del equipo durante el segundo semestre.

[4]​ En el Clausura 2007 marcó un récord cuando hizo el gol más rápido en la historia de un Superclásico, a los 45 segundos del primer tiempo en la Bombonera.

Durante su primer año en la Liga Italiana, Catania salió 15.º y logró salvarse del descenso.

Pablo en la misma logró tener mucha continuidad e incluso le convirtió un gol al clásico rival, el Palermo.

En la temporada 2012-2013, tras declarar en contra del entrenador, Julio César Falcioni, fue desafectado del primer equipo y se rumoreó que no volvería a jugar en el club mientras el DT fuese Falcioni, pero eso se desmintió cuando fue titular ante Belgrano (derrota por 3 a 1).

A la semana siguiente se lesionó y el parte médico le detectó una hernia inguinal que lo dejó afuera de las canchas 45 días.

[6]​ Después de la polémica y tras haber hecho estallar la supuesta "interna" en el plantel y en el club, la dirigencia decidió que a partir de junio el jugador no continúe (aún con contrato hasta diciembre del mismo año).

En el Rojinegro no tuvo un gran paso y en 12 partidos sumó solo 1 gol, convertido el 21/9/2018 en la derrota por 3-2 frente a San Lorenzo en el Nuevo Gasómetro.

Con un bajo rendimiento, Ledesma fue perdiendo el protagonismo con el que había llegado al club de Entre Ríos y ya para 2019 no era tenido en cuenta.