Un péptido señal está constituido por entre 5 y 30 aminoácidos colocados en un orden particular, que son los primeros que aparecen cuando se está sintetizando la cadena polipeptídica.
[1][2] Un péptido señal tiene tres regiones distintas.
Primero la región n, que tiene aminoácidos con carga positiva (Lys, Arg, His) o negativa (Asp, Glu), después la región h, que es hidrofóbica, y por último la región c, que contiene el sitio de reconocimiento para la peptidasa señal (SPase).
Leyenda: H2N- = extremo aminoterminal de la proteína.
-COOH = extremo carboxiterminal de la proteína.