Se conocen dientes probablemente pertenecientes a un dromeosáurido velociraptorino de la misma formación, pero son demasiado grandes para haber pertenecido a Ornithodesmus; en cambio, estos deben haber sido de un terópodo cercano en tamaño al gigante Utahraptor.
Restos de pterosaurios más completos fueron asignados más tarde a Ornithodesmus, hasta que análisis detallados determinaron que el espécimen original de hecho pertenecía a un terópodo, específicamente un dromeosáurido.
Todo el material de pterosaurio anteriormente asignado a este género ha sido renombrado como Istiodactylus.
Más tarde en ese mismo año, John Hulke, en un artículo anónimo, sugirió que los restos en realidad pertenecían a un pterosaurio.
Aunque lo consideraba ahora un pterosaurio, Seeley en ese entonces aún pensaba que Ornithodesmus era cercano al origen de las aves, y sugirió la (ahora obsoleta) idea de que las aves y los pterosaurios compartían un ancestro común cercano.
[7] No obstante, un estudio posterior de Peter Makovicky y Mark Norell mostró que este espécimen era un dromeosáurido, debido a esta reclasificación, ellos consideraron que Ornithodesmus probablemente también era un dromeosáurido.
[8] Darren Naish y colaboradores en 2001 estuvieron en desacuerdo con la identificación de Ornithodesmus como dromeosáurido, sugiriendo en cambio que estaba relacionado con los ceratosaurios o los celofísidos.
Sin embargo, los celofisoides nunca tienen más de cinco sacras, y los dromeosáuridos como el Velociraptor tienen los tres personajes enumerados.