La población aparece en la documentación escrita a lo largo de los siglos con distintas denominaciones: Hondategui (1257, 1295, 1497, 1500, 1802), Ondategui (1454, 1551).

El topónimo tendría su fundamento en -hondo, del romance temprano procedente de fondo más el locativo -tegi.

El nombre lo recibiría la localidad en contraposición con las vecinas Manurga y Murua, cuyos respectivos topónimos derivarían de su ubicación en lugares elevados.

[1]​[2]​ Ondategi se encuentra en una ladera, a 458 m. de altura, en la orilla derecha del río Zubialde.

Aunque existió una espadaña anterior, el campanario es de construcción neoclásica y fue erigido en 1808.

Del siglo XVI, en 1686 la parroquia pagaba la reedificación de la ermita, debido a su mal estado.