Con la selección alemana fue campeón del mundo en 1990 y subcampeón en 1986.
En la actualidad forma parte de la directiva del Schalke 04.
Thon se convirtió en un habitual de la selección germana participando en los Mundiales de 1986, 1990 y 1998 y la Eurocopa de 1988 que se disputó en su país natal.
Debido a lesiones y desavenencias con el entrenador Berti Vogts no participó en el Mundial de 1994 ni en las Eurocopas de 1992 y 1996.
En total acumuló 52 participaciones con la selección y tres goles.