Su primer logro fue ascender por primera vez a la Liga Keniana de Fútbol en 1986, en la cual terminaron en la 12º posición entre 20 equipos.
[1] Pasaron varios años en la máxima categoría hasta que en la temporada 2002/03 cuando ganaron su primer título de liga, aunque posteriormente la Federación de Fútbol de Kenia les quitó el título debido a que se unieron al boicot de la liga en la que formaron parte 6 equipos de 8 que disputaban el campeonato, con lo que eran considerados por la federación como un equipo rebelde.
[2] Un año más tarde, el club comenzó a reportar problemas financieros que le impedían continuar existiendo, provocando que sus jugadores abandonaran el club y buscaran mejores opciones.
En el año 2011, la compañía Nzoia Sugar decidió revivir al club, con lo que la ciudad de Bungoma volvía a tener un equipo de fútbol por iniciativa del presidente de la Nzoia Sugar Boniface Otsyula y debutando en la Primera División de Kenia con el objetivo de regresar a la máxima categoría, aunque su retorno lo hicieron con el nombre Nzoia FC, aunque más adelante lo cambiaron por Nzoia United.
[3][4] En 2016 pasan a llamarse Nzoia Sugar,[5] mismo año en el que logran el título de la Superliga de Kenia y regresan a la primera división.