En biología, la nomenclatura filogenética, tal como se contempla en el Filocódigo (en inglés, Phylocode),[1] está diseñada para nombrar clados por referencia explícita a su filogenia.
La nomenclatura filogenética tiene como principios centrales que: (1) Las regulaciones taxonómicas requieren taxones monofiléticos, (2) las regulaciones taxonómicas no deberían tener rangos o categorías y (3) la tipificación de los taxones debe ser abandonada por ser un anacronismo basado en el esencialismo aristotélico.
[5] En la nomenclatura filogenética a cada clado se le otorga un nombre siguiendo las reglas o normas del Filocódigo.
A cada nombre se le provee una «definición filogenética», la cual identifica al clado particular con referencia a un nodo, una rama o una apomorfia.
Las especies, especímenes y apomorfias citadas en las definiciones filogenéticas se denominan «especificadores» debido a que especifican al clado a cual se aplica el nombre.