Pokrivač comenzó su carrera futbolística en las categorías inferiores del Varteks Varaždin.

Con este club se proclama campeón de Liga y Copa esa misma temporada.

A partir de ese día se convierte en un fijo en el once titular.

Su debut con su nuevo club se produjo el 29 de agosto de 2009 en la Bundesliga Austriaca en un partido contra Kapfenberg, sustituyó a su compañero Simon Cziommer en el minuto 55 y anotó su primer gol, cuando faltaban seis minutos para el final, que certificó la victoria final del Red Bull Salzburgo por 4-0.

Nikola Pokrivač saltó al campo en el minuto 60 sustituyendo a Niko Kovač.