La isla es la más grande en Niijima-mura, o villa Niijima, que también contiene la más pequeña, vecina Shikinejima, y los islotes Jinai-tō (地内島) 1000 m al oeste y Hanshima 300 m al sudeste.
El punto más alto en la isla es el monte Miyatsuka (432 m).
Niijima, al igual que gran parte del resto de Japón, es propenso a los terremotos.
Como prueba de esta turbulenta historia geológica, está registrado que Niijima y Shikinejima fueron la misma masa de tierra en fecha tan reciente como el siglo XVIII.
En 1688 y nuevamente en 1704, varios tsunamis forjaron las distintas islas que existen en la actualidad.