En 1985 es fichado por la Fiorentina en la temporada 85-86 y donde debuta oficialmente en primera división a los 18 años, llegando a jugar un total de 80 partidos y donde anotó 8 goles hasta su partida en 1988.

Berti fue considerado un jugador fundamental para el Inter desde 1988 hasta 1997, cuando Inter estaba en su mejor momento, ganando la Copa de la UEFA en dos ocasiones en ese período y donde Berti fue fundamental no solo en las dos campañas, sino también en las dos finales; la de Copa de la UEFA 1990-91 donde anotó un gran gol frente a la A.S.

Massimo Moratti el presidente hizo grandes cambios renovando el 90% del plantel, trayendo jugadores como Ronaldo Nazario, Yuri Djorkaeff, Iván Zamorano, Javier Zanetti y Diego Simeone, el Inter se recuperó notablemente en el 1996-97 con un 2.º puesto, donde Nicola jugó de manera regular y el 1997-98 donde perdió el titularato definitivamente, con un 3.er puesto para los nero-azurros.

En 1999 recaló en España en el Deportivo Alavés y en 2000 se retiró en el Northern Spirit de Australia a los 33 años.

[1]​ Luego jugó para la selección nacional absoluta en la Copa Mundial de 1990 celebrada en Italia[2]​ y jugó cuatro partidos, 3 de titular y uno entrando desde el banco, incluido la definición del tercer lugar frente a Inglaterra que Italia ganó.