En 1813, Zingarelli se trasladó a Nápoles, donde fue nombrado Director del Conservatorio, junto con Giovanni Paisiello, Giacomo Tritto y Fedele Fenaroli.

Entre sus alumnos destacados estaban Vincenzo Bellini, Michele Costa, Alessandro Curmi, Saverio Mercadante y Luigi Felice Rossi.

Entre 1785 y 1803, escribió principalmente para La Scala de Milán, siendo Alsinda la primera obra que se produjo en ese teatro.

Sin embargo, Giulietta e Romeo es la obra que hoy en día a menudo se considera su mejor ópera.

Las óperas que sobreviven son: Siendo una persona profundamente religiosa, un católico, Zingarelli dedicó la mayor parte de su atención a las misas, oratorios, cantatas y motetes.

Su Misa de réquiem, compuesta para su propio funeral, se dice que encarna su mejor estilo devocional eclesial.