Empezó a competir en la cantera del FK Senta antes de ser fichado por el Barcsi FC húngaro.

Posteriormente fue fichado por el Kaposvölgye VSC hasta que en 2008 pasó a formar parte de la plantilla del Kaposvári Rákóczi FC.

En los dos años que estuvo con el Kaposvár en la Nemzeti Bajnokság II, fue titular en 48 ocasiones, anotando treinta goles.

[3]​[4]​ En la temporada 2010-11, Nikolić fichó por el Videoton FC de Székesfehérvár.

La llegada del entrenador portugués Paulo Sousa hizo que Nemanja no debutara con el conjunto húngaro hasta el año siguiente, cuando fue titular ante el Paksi SE, donde además marcó su primer gol.