Comenzó su carrera en 2011 con el Alianza Fútbol Club de su país, donde jugó seis temporadas hasta ser traspasado al FC Viitorul Constanța de Rumania.

Bonilla tuvo su debut como profesional, después de ingresar de cambio al minuto 65 , además debutó con un gol en la jornada 2 del apertura 2012 al minuto 51'.

Posteriormente sería tomado en cuenta en las alineaciones del entrenador.

Terminando la temporada como el mejor goleador del equipo con un monto de 7 goles y 24 partidos disputados.

Su encuentro de debut se llevó a cabo el 13 de septiembre, contra el Sumqayit FK en la jornada cuatro del campeonato.

En esa ocasión, Nelson entró de titular y siendo sustituido por Rihairo Meulens al minuto 68', y el marcador culminó en igualdad de 0-0.

Segunda División de El Salvador/Reservas Nelson Bonilla ha anotado en su carrera un total de ocho dobletes y un hat-tricks o tripletes (dato desactualizado) en partidos oficiales.

Además, en una ocasión ha sido capaz de anotar tres goles con el Zira FK.