Ben Khalifa debutó profesionalmente en el Grasshopper-Club Zürich el 7 de marzo de 2009 donde jugó los últimos 11 minutos contra el F. C. Sion.
Logró marcar su primer gol el 19 de junio en su cuarto partido frente al propio F. C. Sion.
Nassim jugó para varias categorías juveniles de Suiza, la sub-15, sub-16 y sub-17.
Luego de obtener este torneo comenzó a jugar para la categoría sub-18.
Más tarde oficializó a los 23 jugadores para representar a Suiza en la cual Nassim se quedó afuera de la cita mundialista.