El Nakalipithecus también se asemeja al género Ouranopithecus, otra especie de homínidos prehistóricos encontrados en la actual Grecia.

El nakalipiteco es importante en el estudio de la evolución por dos motivos diferentes.

Por otra parte, también apoya la teoría de que la evolución temprana de los humanos y sus parientes cercanos se desarrolló completamente en África.

Según la teoría, los hominoideos habrían vuelto a colonizar África desde Asia entre hace ocho y hace seis millones de años.

Sin embargo, el descubrimiento del nakalipiteco (junto con el del Samburupithecus y el Chororapithecus) parece confirmar la idea de que nunca llegaron a abandonar completamente África.