Desde 1990 un grupo de empresarios del Táchira habían intentado revivir al desaparecido Atlético San Cristóbal, durante años los intentos fueron infructuosos tanto para formar un equipo desde las divisiones menores como para adquirir un cupo en el balompié profesional, finalmente el Nacional Táchira fue fundado en 1996 obteniendo los derechos de la primera división del Unión Deportiva Lara que abandonaba ese año el fútbol profesional ese año.

Debutó en el estadio Polideportivo de Pueblo Nuevo obteniendo resultados positivos.

En la temporada 2001-2002, por desacuerdos con el Instituto Tachirense de Deporte, se trasladó a San Juan de Colón, que contaba con el estadio Ing Orlando Medina, mucho más pequeño que el coloso sancristobalense.

Jugando en esta localidad y bajo la dirección del técnico Carlos Maldonado alcanzan el campeonato en esa temporada, superando a Estudiantes de Mérida en una final a doble partido.

Los conjuntos mexicanos contra quienes rivalizó en esa competencia internacional en 2002 fueron Cruz Azul y Pumas UNAM.