Con la mínima ventaja obtenida en San Nicolás y un espectacular empate 3-3 en el Azteca, el Cruz Azul se consagraba campeón de liga por séptima ocasión en su historia, siendo el cuarto y último título liguero de Flores con el equipo.Dirigidos por su excompañero Alberto Quintano, terminaban en la sexta posición general y se clasificaban a la liguilla.En los cuartos de final, terminaban empatados 3-3 con Atlante, con dos goles de Carlos Eloir Perucci en la serie, forzando los penales, siendo Flores quien anotaría el que les daría el pase a la siguiente ronda, donde serían eliminados a manos del América con 2-0 en el marcador.[19] En 1987, con Héctor Pulido al frente del equipo, y terminando en la segunda posición general, alcanzaban una nueva final ante el Guadalajara.En el partido de ida, Flores abría el marcador desde el punto penal, venciendo a Javier Ledesma con un extraordinario cobro; más tarde, Luis Antonio Valdez ponía el empate antes del descanso.Alineando como contención, al terminar el primer tiempo, Ignacio recibió varios reconocimientos, el público se le entregó, y dio la vuelta olímpica acompañado por niños de las fuerzas inferiores.[24] Tiempo después, fue asistente técnico Jesús del Muro, durante su gestión en Cruz Azul, y de Carlos Jara Saguier, durante su paso con el Monterrey en el torneo Verano 1999, donde terminaron consiguiendo la permanencia de la categoría ante el Puebla, pero con el cambio de directiva del equipo regio, no continuaron en el cargo y Flores regresaba a las inferiores del equipo celeste.[25] Pese a siempre aspirar a tener más peso específico como entrenador del equipo celeste y aportar algo de lo que pudo aportar como jugador, al haber otros intereses con los que Ignacio no coincidía, nunca tuvo esa oportunidad.Lastimosamente, este sería su único partido en la máxima competencia, tras ausentarse de los dos primeros encuentros por no estar bien físicamente.Impasable, Flores también sabía desbordar por la banda, convirtiéndose en un extremo más en el peligroso ataque cementero de los años setenta.En su momento, las autoridades siguieron dos líneas de investigación: un posible asalto para quitarles la camioneta o una confusión con algún narcotraficante.
