Su principal función es la de liberar serotonina al resto del cerebro.
[1] Etimológicamente, el término "rafe" deriva de la palabra griega ραφή (comisura).
Anatómicamente, los núcleos del rafé son concentraciones de sustancia gris, es decir somas neuronales, distribuidas en seis grupos pares y localizadas a lo largo de toda la longitud del tronco encefálico, alrededor de la formación reticular.
Dependiendo de su posición dentro de las secciones del tallo encefálico, se agrupan en 6 núcleos:[2] Los centros serotoninérgicos están situados en los 6 núcleos del rafé.
A partir de ellos, las rutas de señalización por serotonina pueden derivar en tres vertientes: una ruta que alcanza la corteza cerebral, una ruta con dirección a los núcleos septales y otra que se puede extender a la espina dorsal.