Aunque es poco común, este murciélago habita en zonas cercanas a los sitios donde viven los humanos y cerca del agua; es similar al murciélago de Brandt (Myotis brandtii), el cual pasó a considerarse como una especie independiente en 1970.
M. alcathoe es el más pequeño entre los murciélagos bigotudos de Europa y utiliza las frecuencias en sus llamadas de ecolocalización más altas de todas las especies europeas pertenecientes a su género.
Prefiere cazar en valles pequeños con árboles de hoja caduca cercanos a cursos de agua.
Los antiguos registros de Grecia y Hungría indican una distribución importante en el sudeste de Europa.
Las frecuencias utilizadas por M. mystacinus para la ecolocación varían entre 34-102 kHz, llegando al pico de energía en 53 kHz y con una duración promedio de 3.0 ms.