El puerto se construyó en el siglo I de nuestra era y fue abandonado a mediados del siglo VI d. C. A finales del siglo I o principios del II, las instalaciones se completaron con la construcción de un mercado al este del edificio de acceso.

Las edificaciones portuarias se extendían a lo largo de la orilla derecha del Ebro aprovechando la mayor mansedumbre de sus aguas en esta parte y estaban situadas en el ángulo nordeste del foro con el que conectaban por medio de escaleras.

El comercio en el puerto era muy activo, al distribuir tanto mercancías procedentes del interior (trigo, madera o hierro) como de la costa (cerámicas, salazones, vino, etc.).

En el museo se pueden contemplar algunos restos arqueológicos de estas instalaciones.

Además, un audiovisual interactivo da cuenta de la actividad comercial de Zaragoza que centralizaba el puerto en aquella época.