Posteriormente el edificio fue utilizado como bodega de material prehispánico y colonial.

A finales del siglo XX fue restaurado por el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) y el gobierno del Estado, después de lo cual abrió parcialmente al público para exhibir parte de la colección que había resguardado como bodega.

El Museo cuenta con seis salas en operación donde se exhiben armas de los siglos XVI al XIX.

La colección incluye sables y espadas que pertenecieron a don Pedro Sáinz de Baranda y Borreiro, al general Antonio Gaona, a don Agustín de Iturbide, al general Manuel Gómez Pedraza y a don Mariano Escobedo.

Otras piezas interesantes que se pueden observar en el museo son: el cañón denominado media culebrina, arma cilíndrica de bronce del siglo XVI (1552), el más antiguo de su tipo localizado en el hemisferio occidental, que fue encontrado en la Sonda de Campeche; la caña de timón o “del perro galgo”, como se le conoce por tratarse de una talla en madera de ébano con esa figura, que fue encontrada en el lecho del río Viejo o río Seco, afluente del río Palizada, a finales del siglo XIX.