El museo fue fundado en 1953, basado en la colección privada de su fundador y primer director, Aryeh Ben-Eli.
En 1972, el museo se trasladó a su sede actual, cerca de la playa del norte del Monte Carmelo, entre los barrios Stella Maris y Bat Galim.
Muy cerca se encuentra la inmigración clandestina israelí, el Museo Naval y la cueva de Elías.
El Taller de Marina del Instituto León Recanati para Estudios Marítimos, afiliado a la Universidad de Haifa se encuentra en el museo.
El taller ofrece buceo profesional y servicios de topografía para la investigación de campo realizado en el instituto.