[1] Resguarda entre 40.000 y 50.000 piezas del patrimonio geológico y paleontológico, las cuales han sido recolectadas a lo largo de la historia de la investigación geológica del país[1].
A ser parte de diferentes expediciones en el país, el Dr. Royo y Gómez recolectó varias de las piezas más representativas con las que cuenta el museo.
Una de esas expediciones fue la Comisión de Vertebrados, realizada entre 1944 y 1949, en la cual fueron descubiertos especímenes como el plesiosaurio Callawayasaurus colombiensis, el perezoso gigante Eremotherium laurillardi, el mono Cebupithecia sarmientoi y mamíferos particulares como el Miocochilius anomopodus.
[1] La primera sede del Museo estuvo ubicada en el edificio La Flauta, en el centro de Bogotá, la cual abrió sus puertas al público en 1947.
En 1962, se realiza el traslado de las colecciones a la sede actual, en las instalaciones del Servicio Geológico Colombiano ubicado en la esquina nororiental de la Ciudad Universitaria.