Inicialmente se fundó en 1970 la «Colección Arqueológica de Eani» para albergar los objetos que se encontraban en las excavaciones de la zona pero pronto se vio la necesidad de construir un nuevo edificio debido a los abundantes hallazgos que se produjeron durante la construcción de diversas carreteras en la región.

La inauguración de la exposición del museo se produjo en 2002.

[1]​ El museo tiene una superficie de unos 4500 m² distribuidos en dos plantas con salas de exposiciones, almacenes, talleres, oficinas, biblioteca y una sala multiusos.

Además de la exposición permanente, el museo organiza exposiciones temporales, programas educativos, conferencias y otros eventos culturales.

Se estructura en torno a tres áreas temáticas.