Cada municipio es una unidad de autogobierno con sus propios organismos representativos y ejecutivos.

Algunos municipios urbanos se dividen en distritos (en estonio: linnaosad, en singular linnaosa) con limitados poderes de gobierno.

Por ejemplo, Tallin se subdivide en 8 distritos (Haabersti, Kesklinn, Kristiine, Lasnamäe, Mustamäe, Nõmme, Pirita y Põhja-Tallinn).

El consejo (en estonio: volikogu) es un órgano representativo elegido por los residentes para un período de 3 años.

El gobierno local (en estonio: valitsus) es un órgano ejecutivo constituido por el consejo y encabezado por un alcalde (en estonio: linnapea en las ciudades y vallavanem en los municipios rurales), que es elegido para un mandato de tres años.