El municipio de Winona (en inglés: Winona Township) es un municipio ubicado en el condado de Shannon en el estado estadounidense de Misuri.

En el año 2010 tenía una población de 2451 habitantes y una densidad poblacional de 6,21 personas por km².

[2]​ El municipio de Winona se encuentra ubicado en las coordenadas 37°0′30″N 91°17′19″O / 37.00833, -91.28861.

Según la Oficina del Censo de los Estados Unidos, el municipio tiene una superficie total de 394.49 km², de la cual 394,41 km² corresponden a tierra firme y (0,02 %) 0,07 km² es agua.

Del total de la población el 0,98 % eran hispanos o latinos de cualquier raza.