El municipio de Winnebago City (en inglés: Winnebago City Township) es un municipio ubicado en el condado de Faribault en el estado estadounidense de Minnesota.

En el año 2010 tenía una población de 201 habitantes y una densidad poblacional de 2,24 personas por km².

[2]​ El municipio de Winnebago City se encuentra ubicado en las coordenadas 43°48′15″N 94°10′37″O / 43.80417, -94.17694.

Según la Oficina del Censo de los Estados Unidos, el municipio tiene una superficie total de 89.62 km², de la cual 88,62 km² corresponden a tierra firme y (1.12 %) 1 km² es agua.

[3]​ Según el censo de 2010,[4]​ había 201 personas residiendo en el municipio de Winnebago City.