El municipio de Wabaunsee (en inglés: Wabaunsee Township) es un municipio ubicado en el condado de Wabaunsee en el estado estadounidense de Kansas.

En el año 2010 tenía una población de 524 habitantes y una densidad poblacional de 3,02 personas por km².

[2]​ El municipio de Wabaunsee se encuentra ubicado en las coordenadas 39°6′53″N 96°18′23″O / 39.11472, -96.30639.

Según la Oficina del Censo de los Estados Unidos, el municipio tiene una superficie total de 173.38 km², de la cual 171,38 km² corresponden a tierra firme y (1,15 %) 1,99 km² es agua.

Del total de la población el 2,86 % eran hispanos o latinos de cualquier raza.