El municipio de Stony Run (en inglés: Stony Run Township) es un municipio ubicado en el condado de Yellow Medicine en el estado estadounidense de Minnesota.
En el año 2010 tenía una población de 432 habitantes y una densidad poblacional de 4,06 personas por km².
[2] El municipio de Stony Run se encuentra ubicado en las coordenadas 44°50′31″N 95°39′18″O / 44.84194, -95.65500.
Según la Oficina del Censo de los Estados Unidos, el municipio tiene una superficie total de 106.49 km², de la cual 105,79 km² corresponden a tierra firme y (0,65 %) 0,7 km² es agua.
[3] Según el censo de 2010,[4] había 432 personas residiendo en el municipio de Stony Run.