Yolomécatl es una palabra de origen náhuatl y se considera que puede tener dos significados: Anteriormente este territorio se llamaba Iniyoo, al expandirse el imperio mexica a tierras mixtecas, se imponen vocablos en lengua náhuatl y cambia el nombre a Yolomécatl.
Tras la conquista y la evangelización, se impone el nombre del apóstol Santiago, quedando el nombre como "Santiago Yolomécatl"[4] Existen evidencias de asentamientos que datan a la época Cruz tardía (700-300 a. C.).
Aproximadamente tres siglos después, en Yolomécatl se construyeron sitios grandes en los cerros Yucuniñi, al norte del pueblo y el cuate al sur del pueblo.
Tras la conquista, en 1678 se construyó del templo católico, edificio que cuenta con 2 torres altas, crucero, cañón y media naranja.
En el municipio habitan 2,090 personas, de las cuales, 4% habla una lengua indígena.