Se encuentra localizado en el centro del estado y su cabecera la ciudad de Pátzcuaro, situada junto al lago de Pátzcuaro y mundialmente conocida como destino turístico.

El municipio de Pátzcuaro se encuentra en el centro de la llamada meseta Purépecha y del Eje Neovolcánico, que forma su principal sistema de relieve, localizado principalmente en el sur del municipio;[7]​ destacan las elevaciones como el Cerro Colorado, el Cerro El Frijol, el Cerro El Burro y en la zona sureste el Cerro La Nieve, que es la mayor elevación del municipio al alcanzar los 3440 metros sobre el nivel del mar, lo que lo convierte en la cuarta elevación más elevada del estado de Michoacán.

[10]​ Existen además pequeñas corrientes superficiales como el río Guani y varios manantiales.

[11]​ Todo el territorio de Pátzcuaro registra un clima templado subhúmedo con lluvias en verano, con excepción de un pequeño sector en el extremo sureste en que el clima es clasificado como Semifrío subhúmedo con lluvias en verano;[12]​ la temperatura media anual registrada en el zona sur y sureste del municipio, la más elevada, es de 12 a 16 °C, mientras que en el resto del territorio es de 16 a 24 °C;[13]​ y la precipitación promedio anual es de 1,000 a 1,200 mm.

[14]​ La mayor parte del territorio de Pátzcuaro está cubierto por bosques, sobre todo en los terrenos más elevados, sin embargo, gran parte de las zonas planas y bajas ha sido dedicadas a la agricultura, existiendo también pequeñas zonas de pastizal,[15]​ las principales especies vegetales que se encuentran son pino, encino, cedro, oyamel y junípero, y los principales representantes de la fauna están ardilla, cacomixtle, coyote, liebre, armadillo, tórtola, cerceta, pato, aguililla, chachalaca, achoque, además de las especies de peces del Lago de Pátzcuaro, donde destacan: pez blanco, charal, carpa, lobina negra y mojarra.