Cuenta con 32 localidades activas dentro de su territorio, su cabecera municipal y localidad más habitada es el homónimo pueblo de Benjamín Hill, mientras que otras importantes son San Diego y Comunidad San Miguel.

Después, el 15 de abril del año 1952, el Boletín Oficial del Estado publicaba la Ley n.º 32 que establecía la creación del nuevo municipio de Benjamín Hill, nombrado así en honor al militar sinaloense Benjamín Hill que gobernó el estado de Sonora provisionalmente en 1915, tanto el municipio como la cabecera municipal escogida fueron llamados así.

[6]​ Pertenece a la región hidrológica Sonora Norte, y a la cuenca hidrológica del Río Concepción en su mayoría, por su extensión territorial existen corrientes de agua pequeñas como los arroyos El Álamo, el Aguaje, el Bori, el Carrizo, el Pinito, el Potrerillo, el Purgatorio, la Capa, la primavera, las Bebelamas, las Clementinas, las Trancas, los Otates, los Pocitos y los Tepeguajes, por las fluye agua sólo en temporadas de lluvias.

La vegetación del lugar está conformada principalmente matorral xerófilo, con abundante mezquite, existen otras áreas donde la vegetación es de matorral crasicuale, constituido principalmente por nopales, sahuaros, cardón, etcétera.

El municipio tiene un total de 32 localidades activas:[9]​ Otras localidades pequeñas son: La Noria, San Juan, La Peña Blanca, La Peñita, Los Conejos, El Dorado (Luis Alberto Mariscal), El Perú, El Sahuarito, Descuellado, entre otras .